Существенный вред культурам в защищенном грунте наносит комплекс вредителей и болезней. Среди них могут быть и те, которые имеют карантинное значение. Например, такие как южноамериканская томатная минирующая моль, западный цветочный трипс, табачная белокрылка, томатный листовой минер, пальмовый трипс, южноамериканский листовой минер, красный томатный паутинный клещ, коричнево-мраморный клоп, аскохитоз хризантем, белая ржавчина хризантем.
Важнейшим условием получения высоких урожаев в теплицах является своевременное проведение мероприятий по защите растений.
